Почему это происходит

Это происходит, когда существуют несогласованные позиции для соответствующих продуктов. Это может произойти после миграции с magento 1. Так было и со мной.

Проблема вызвана методом Magento\Catalog\Model\ProductLink\CollectionProvider::getCollection().
Это тот, кто отвечает за извлечение продуктов.

Часть, которая ведет себя не так, как ожидалось, такова:

    foreach ($output as $item) {
        $itemPosition = $item['position'];
        if (!isset($sorterItems[$itemPosition])) {
            $sorterItems[$itemPosition] = $item;
        } else {
            $newPosition = $itemPosition + 1;
            $sorterItems[$newPosition] = $item;
        }
    }

Давайте возьмем 2 случая.
Тот, который работает:

Допустим,

$output = [
     ['position' => 0],
     ['position' => 2],
     ['position' => 1],

];

(Я игнорируются другие значения для связанных элементов, поскольку они не важны).
После выполнения кода выше это приводит к

Array
(
    [0] => Array
        (
            [position] => 0
        )

    [2] => Array
        (
            [position] => 2
        )

    [1] => Array
        (
            [position] => 1
        )

)

, который позже сортируется функцией ksort.
Итак, 3 элемента на входе, 3 на выходе. Пока все хорошо.

Но давайте возьмем этот случай:

$output = [
    ['position' => 0], // or null
    ['position' => 1],
    ['position' => 0], // or null
];

Тот же фрагмент кода возвращает:

Array
(
    [0] => Array
        (
            [position] => 0
        )

    [1] => Array
        (
            [position] => 0
        )

)

Итак, 3 пункта вошли, 2 вышли.

Решение

Я решаю эту проблему, переписывая метод, упомянутый выше, и гарантируя, что там нет никаких позиционных столкновений.

Чтобы переопределить его, добавьте это в файл di.xml в одном из ваших пользовательских модулей

<preference for="Magento\Catalog\Model\ProductLink\CollectionProvider" type="[Vendor]\[Module]\Model\ProductLink\CollectionProvider" />

Затем создайте класс [Vendor]\[Module]\Model\ProductLink\CollectionProvider в файле [Vendor]/[Module]/Model/ProductLink/CollectionProvider.php

Класс должен выглядеть так:

<?php
namespace [Vendor]\[Module]\Model\ProductLink;

use Magento\Framework\Exception\NoSuchEntityException;

class CollectionProvider extends \Magento\Catalog\Model\ProductLink\CollectionProvider
{
    /**
     * Get product collection by link type
     *
     * @param \Magento\Catalog\Model\Product $product
     * @param string $type
     * @return array
     * @throws NoSuchEntityException
     */
    public function getCollection(\Magento\Catalog\Model\Product $product, $type)
    {
        if (!isset($this->providers[$type])) {
            throw new NoSuchEntityException(__('Collection provider is not registered'));
        }
        $products = $this->providers[$type]->getLinkedProducts($product);
        $converter = $this->converterPool->getConverter($type);
        $output = [];
        $sorterItems = [];
        foreach ($products as $item) {
            $output[$item->getId()] = $converter->convert($item);
        }
        foreach ($output as $item) {
            $itemPosition = (int)$item['position'];
            while (isset($sorterItems[$itemPosition])) {
                $itemPosition++;
            }
            $sorterItems[$itemPosition] = $item;
        }
        ksort($sorterItems);
        return $sorterItems;
    }
}