Открыть ссылку в модальном диалоговом окне (например, в интернет-магазине Chrome)

Для диалога используйте пользовательский интерфейс jQuery

Http://jqueryui.com/demos/dialog/#modal-message

Для изменения URL с помощью JS используйте API истории

Http://html5demos.com/history

Также проверьте Хороший учебник по использованию API истории HTML5 (Pushstate?)

Для старых браузеров вам, возможно, придется использовать location.hash, приведенный выше сайт пользовательского интерфейса jQuery является хорошим примером для этого.

Для открытия всех ссылок в диалоговое окно, которое вы можете закодировать, как показано ниже

$('a').click(function(e){
  e.preventDefault();
  var url=$(this).attr('href')+"?content_only"; //content_only added to tell index.php to give only content without template and JS
   $.get(url, function(data) {
    $('.dialog').html(data).dialog();
   //change URL here
  });
});

Для указания всех URL-адресов на домашнюю страницу вам нужно выполнить трюки на стороне сервера, указать все URL-адреса на index.php . Как example.com/index.php/subpage и проверьте, готов ли документ, если URL-адрес не просто index.php, я имею в виду что-то вроде example.com/index.php/subpage, затем откройте example.com/index.php/subpage?content_only в диалоговом окне. В index.php используйте критерий, content_only указывается, затем возвращайте только содержимое subpage без шаблона и JS.